ישנם תשעה אתגרים להתמקד בעת שילוב פרוביוטיקה לתוך מטריצות מזון. הם: 1. בחירת זן, 2. ייצור זנים, 3. כיצד לחסן מזון, 4. כיצד להבטיח הישרדות במהלך העיבוד, 5. כיצד למנוע אובדן הכדאיות במהלך האחסון, 6. כיצד לחשב [פרוביוטיקה] ספירת המושבה, 7. השפעות על תכונות חושיות מזון, 8. [שימור המוצר] יציבות בבתי הצרכנים, 9. ולשחק תפקיד במערכת העיכול.
באופן ספציפי, במיצים, חומצות אורגניות לעתים קרובות להביא את ה- pH של המוצר מתחת 4, אשר יעכב את ההישרדות של פרוביוטיקה. בבחירה, אלה פרוביוטיקה לסבול pH נמוך צריך להיחשב, כגון לקטובצילוס על Bifidobacterium.