למרות שפרוביוטיקה נחשבת מועילה לבריאות, עבור אנשים מסוימים, בליעה ראשונית של מיקרואורגניזמים אלו עלולה לגרום למגוון של תסמינים לא נוחים. כאשר נוטלים פרוביוטיקה לראשונה, אנשים מסוימים עשויים לחוות תסמינים כגון נפיחות, שלשול, כאבי ראש, חום, כאבי שרירים, ערפל מוחי ואולי חרדה. תסמינים אלו נחשבים כתגובה לשינויים המתרחשים בגוף, כגון מוות של פתוגנים פוטנציאליים או הפעלה מחדש של תגובות מעיים, תופעה המכונה לעתים "תגובת הרקסהיימר".
תגובת הרקסהיימר היא תגובה ראשונית המעידה בדרך כלל על הסתגלות הגוף לסביבה מיקרוביאלית חדשה. ייתכן שהסיבה לכך היא שהפרוביוטיקה מקיימת אינטראקציה עם הקהילה המיקרוביאלית הקיימת, וגורמת למוות של החיידקים או לשחרור מטבוליטים המעוררים תסמינים אלו. למרות שאינה נוחה, תגובה זו היא בדרך כלל קצרת מועד ושוככת במהירות. אפשר לחשוב על זה כחלק מתהליך ההומאוסטזיס של הגוף.
זה בדרך כלל משפיע רק על מספר קטן של אנשים, כאשר התסמינים הם קלים ונמשכים בדרך כלל רק כמה ימים עד כמה שבועות. אם תסמינים אלה גורמים לך לאי נוחות, אתה יכול להפחית את המינון שלך או להפסיק להשתמש בו לכמה ימים לפני שתנסה שוב; אם תסמינים אלה נמשכים יותר מכמה שבועות, הפסק להשתמש בו; אם יש לך קוצר נשימה, גרון תפוס, כוורות או תסמיני תגובות אלרגיות אחרות, אנא הפסק להשתמש בו מיד. כדי להפחית את האפשרות לתופעות לוואי, במיוחד לבעלי מערכות עיכול רגישות, כדאי להתחיל עם כמות קטנה של פרוביוטיקה ולאחר מכן להעלות את המינון במשך מספר שבועות.
יש להשתמש בפרוביוטיקה בזהירות מיוחדת באלה עם ליקויים חיסוניים חמורים, שכן במקרים נדירים, בליעת פרוביוטיקה עלולה להוביל לזיהום. הסיבה לכך היא שמערכת החיסון אינה יכולה לשלוט ביעילות על התפשטות המיקרואורגניזמים בגוף, מה שגורם לסיכון לזיהום.
לחלק מהאנשים עשויים להיות תגובות אלרגיות לסוגים מסוימים של פרוביוטיקה, במיוחד שמרים הקשורים ל-Saccharomyces boulardii. סוגים אחרים של פרוביוטיקה, כגון לקטובצילים, בדרך כלל אינם גורמים לתגובות אלרגיות.
חלק מהפרוביוטיקה יכולה לייצר היסטמין במערכת העיכול. שחרור מוגזם של היסטמין עלול לגרום לתסמינים כמו גירוד, ייצור מוגבר של דמעות, נזלת, קשיי נשימה, אדמומיות ונפיחות, במיוחד עבור אלו עם אי סבילות להיסטמין. הימנע מזנים פרוביוטיים אלה כדי למנוע אי נוחות.